Результати морфометричного аналізу каріотипу Chaetogammrus (Echinogammarus) ischnus за використання моделей машинного навчання

Навчальний заклад: Товариство з обмеженою відповідальністю «Центр освіти Оптіма» міста Києва

Автор: Гончарова Софія Сергіївна

Відділення: Екологія та аграрні науки

Секція: Селекція та генетика

Область: м. Київ

Опис:

Гамариди є важливими частинами водних екосистем і широко застосованими біоіндикаторами. Цитогенетика є одним з класичних методів дослідження впливу зовнішніх чинників на організми, водночас цитогенетика гамарид - новий перспективний напрям. Однак цей метод передбачає ресурсоємного і довготривалого аналізу, що є вагомим недоліком. Для медичної цитогенетики вже були розроблені методи автоматизації аналізу. У даній роботі представлений первинний аналіз морфометрії виду Chaetogammarus (Echinogammarus) ischnus за допомогою моделей машинного навчання у Fiji/ImageJ. Було розроблено 5 моделей натренованих на фото виду Gammarus fossarum. Оцінено результати сегментації та узагальнено придатність моделей. Після вибору оптимальної моделі було отримано стандартизований морфометричний вихід для серії метафазних зображень C. ischnus. Рангові профілі відносних довжин дозволили кількісно порівняти розмірну структуру набору між метафазами; індивідуальні довжини ідіограми підтвердили коректність ранжування після сортування. Ручна верифікація придатних мейотичних метафаз узгодилася з робочою гіпотезою щодо чисельності набору та наявності дрібних додаткових елементів, сумісних із B хромосомами Таким чином, робота демонструє можливість перенесення навчання з G. fossarum на C. ischnus та практичний потенціал пришвидшення цитогенетичного аналізу гамарид для біоіндикаційних застосувань.